欽明天皇2（630）年に神武天皇の霊が降り立った場所（三竹部落の丘陵地）に建てられ、宝治元（1247）年9月29日に源（藤原）頼嗣により現在の場所に移されたとされている。天正年間(1573～1591年)に小西行長によって堂社を焼かれ、社領は没収、旧記等もその際に散逸したといわれている。盛時には肥後の一宮として末社・楼門・玉垣・社家・社僧・鐘楼等が並び、八町四方（一町は約109m）に及んでいたとされる。