| 号数 | 名称・通称 | 内容 | 指定日 | 区分 |
| 1 | 加藤清正禁令（禁制） | 慶長5年9月21日 絵本・絹表装 加藤清正黒印 | 昭和62年4月10日 | 美術工芸品（古文書） |
| 2 | 加藤清正知行宛行状 | 慶長6年11月17日 絵本・絹表装 加藤清正花押 | 昭和62年4月10日 | 美術工芸品（古文書） |
| 3 | 細川忠利触書 | 寛永6年12月9日 絵本・絹表装 | 昭和62年4月10日 | 美術工芸品（古文書） |
| 4 | 城の本古墳出土品 | 古墳時代中期 滑石製勾玉12点・硬玉製勾玉1点・碧玉製管玉5点・内行花紋鏡1面 | 昭和62年4月10日 | 美術工芸品（考古資料） |
| 5 | 内寺薬師三尊 | 南北朝～室町初期 木造仏像3体（薬師如来像・日光像・月光像） | 昭和62年4月10日 | 美術工芸品（彫刻） |
| 6 | 木山氏系図 | 絵本・絹表装 | 平成5年2月25日 | 美術工芸品（古文書） |
| 覚・木山氏略系図 | 絵本・絹表装 |
| 連歌（元和元年11月28日） | 絵本・絹表装 |
| 連歌屋記事 | 絵本・絹表装 |
| 7 | 城の本2号墳出土品 | 古墳時代中期 水晶製勾玉2点・碧玉製管玉17点 | 平成18年9月15日 | 美術工芸品（考古資料） |
| 8 | 飯田山常楽寺十一面千手観音
立像及び神仏像 | 木造千手観音立像1躯・木造薬師如来坐像1躯・木造大黒天立像1躯・
木造歓喜天立像1躯・木造日羅坐像1躯・木造僧形坐像1躯・
木造男神坐像1躯・木造男神坐像1躯・木造女神坐像1躯・
木造男神坐像1躯・木造男神坐像1躯・木造男神坐像1躯・
木造僧形坐像1躯・木造男神坐像1躯・木造僧形坐像1躯 | 平成20年3月4日 | 美術工芸品（彫刻） |
| 9 | 風雲山重福寺の阿弥陀石仏 | 宝治2年 安山岩製阿弥陀如来坐像1躯 | 平成27年5月11日 | 美術工芸品（彫刻） |
| 10 | 飯田山常楽寺の層塔 | 鎌倉時代 花崗岩製九重層塔1対（2基） | 平成27年5月11日 | 建造物 |
| 11 | 尾峰山福田寺の永仁五年
五輪塔 | 永仁5年 凝灰岩製五輪塔（火輪と水輪の間に宝塔） | 平成27年5月11日 | 建造物 |
| 12 | 鬼の窟古墳 | 古墳時代後期石室1基 | 平成27年5月11日 | 史跡 |
| 13 | 古津森宮の影向石「碑伝」 | 凝灰岩製切石1基 | 平成27年5月11日 | 建造物 |
| 14 | 二尊寺跡の仏像群 | 室町時代末期 木造如来型坐像1躯・木造如来型坐像、南北朝時代 木造地蔵菩薩坐像外3躯 | 平成27年5月11日 | 美術工芸品（彫刻） |
| 15 | 福原阿弥陀堂の木造阿弥陀如来坐像 | 木造阿弥陀如来坐像1躯 | 平成27年5月11日 | 美術工芸品（彫刻） |
| 16 | 龍池山千光寺の木造千手
観音菩薩立像 | 木造千手観音立像 | 平成28年3月7日 | 美術工芸品（彫刻） |
| 17 | 木山神宮境内 | 木山地内に鎮座する神社境内地 | 平成29年10月17日 | 史跡 |
| 18 | 皆乗寺本堂・山門 | 本堂及び山門 | 平成30年1月10日 | 建造物 |
| 19 | 浄信寺山門 | 山門 | 平成30年4月16日 | 建造物 |
| 20 | 赤井城跡 | 城跡 | 平成30年10月17日 | 史跡 |
| 21 | 福田寺の五輪塔（虎ヶ塔） | 阿蘇溶結凝灰岩製。文永8年（1271）銘。 | 平成31年2月12日→県指定により解除 | 建造物
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| 22 | 常楽寺境内 | 中世の山岳寺院。 | 令和元年8月19日 | 史跡 |
| 23 | 砥川阿蘇神社奉納絵馬
（通称 西南戦争絵馬） | 裏面に『戦争略記』記載 | 令和4年3月1日 | 美術工芸品（絵画） |
| 24 | 水野家文書 | 附書簡を含む793点 | 令和4年3月1日 | 美術工芸品（歴史資料） |
| 25 | 木山神宮神殿 | 木山地内に鎮座する神社神殿 | 令和4年8月23日 | 建造物 |
| 26 | 津森神宮境内 | 津森地区に鎮座する神社境内地 | 令和5年4月4日 | 史跡 |
| 27 | 潮井神社境内 | 杉堂地区に鎮座する神社境内地 | 令和5年4月4日 | 史跡 |